Bumuo ng kontrobersiya ang nobelang ito kung kaya't pagkatapos lamang ng ilang araw na pagbalik ni Rizal sa Pilipinas, tinanggap ni Gobernador-Heneral Terrero sa Malacañang at inabisuhang puno ng subersibong ideya ang Noli. Pagkatapos ng usapan, napayapa ang liberal ng Gobernador Heneral ngunit nabanggit niya na wala siyang magagawa sa kapangyarihan ng simbahan na gumawa ng kilos laban sa nobela ni Rizal. Mahihinuha ang persekusyon sa kaniya sa liham ni Rizal sa Leitmeritz:

"Gumawa ng maraming ingay ang libro ko; kahit saan, tinatanong ako ukol rito. Gusto nila akong gawing excommunicado dahil doon... pinagbibintangan akong espiya ng mga Aleman, ahente ni Bismarck, sinasabi nila na Protestante ako, isang Mason, isang salamangkero, isang abang kaluluwa. May mga bulong na gusto ko raw gumawa ng plano, na mayroon akong dayuhang pasaporte at gumagala ako sa kalye pagkagat ng dilim ..."